چند سال از آزادی گمبرون و سواحل مرکزی خلیج فارس گذشته بود و حالا نوبت به ضربت نهایی و آزادی قشم و البته جزیره هرمز رسیده بود.
معاهده همکاری بین قوای ایران و قوای بحریه انگلیس در میناب بسته شد و ارتش ایران از گمبرون با یافتن یک گدار کم عمق از سمت بندر پل به قشم هجوم برد.
نیروی دریائی پرتغال در بندر هرمز، مرکب از پنج کشتی جنگی بزرگ و دو کشتی جنگی کوچک و دهها قایق جنگی بادبانی مسلح بعلاوه دو کشتی بزرگ نیز که هر یک مجهز به سی توپ و سیصد مرد جنگی بود آماده نبرد بود.
قلعه قشم را شاهقلی بیگ و سپاهیان وی از جانب خشکی محاصره کرده بودند و مدافعین پرتغالی قلعه به پایداری برخاستند و چون سه روز قلعه زیر آتش توپخانه ایرانیان قرار گرفت، قسمتی از حصار قلعه ویران گشت و قلعه قشم گشوده شد و سربازان امام قلی خان جزیره را متصرف شدند و (روی فری یرا) سردار پرتغالی که در جزیرۀ قشم بود اسیر گردید و امیر زین‌الدین محمد حاکم مغستان که به کمک پرتغالیها شتافته بود به امر امام قلی‌خان تیرباران شد.
روز 28 ربیع‌الاول سال 1031 هجری برابر با نهم فوریه 1622 میلادی امام قلی‌خان به اتفاق سرداران سپاه خود علی‌قلی بیگ و پولادبیگ و شارقعلی محمد سلطان و علی‌بیگ، با سه کشتی جنگی و سه هزار سپاهی به استحکام مواقع نظامی پرداخته، در حالیکه خود شخصاً فرماندهی عملیات نظامی را در دست داشت در میان امواج کف‌آلود ساحل جزیره، جنگ هرمز را آغاز نهاد.
پرتغالیان به دفاع برخاستند و پس از آنکه عده‌ای از ایرانیان مهاجم را کشتند، به درون قلعه نظامی بزرگ و مستحکمی که از سنگ خارا ساخته شده و دژی نفوذ ناپذیر با برج و باروهای بسیار و توپهای آتشی و حصارهای سنگی بود و خرابه‌های آن تا امروز هم باقی است، پناه بردند.
دو هفته، روز و شب، جنگی سخت و هول‌انگیز در داخل جزیره هرمز و برگرد حصارهای خارجی آلبوکرک به شدت ادامه داشت، و دریای خروشان را شب و روز در آتش و خون و دود گرفته بود، روز 12 ربیع‌الثانی برابر با 24 فوریه، قوای بحری ایران و انگلیس به قوای دریائی پرتغالیان حمله کردند و کشتی مخصوص امیرالبحر پرتغال، موسوم به کشتی سان پدرو را که 590 تن گنجایش داشت آتش زدند.
پرتغالیها برای آنکه آتش به سایر کشتی‌ها سرایت نکند، لنگر کشتی‌سان پدرو را بریدند، و آن را به اختیار باد در دریا رها کردند و در حدود جزیرۀ لارک کشتی مزبور به دست سپاهیان ایران افتاد و محمولات آن که بیشتر توپ و اسحله و ادوات جنگی بود، به چنگ ایرانیان درآمد.
روز چهاردهم جمادی‌الاولی برابر با 17 مارس سپاهیان ایران با پرتغالیان جنگ سخت و وحشتناکی را آغاز کردند و پس از نه ساعت جنگ و زد و خورد خونین، عاقبت پرتغالیان به درون قلعه گریختند و در همان احوال نیز سپاهیان ایران به فرمان امام قلی‌خان قسمت پرتغالی‌نشین جزیره را آتش زدند. پس از این جنگ ایرانیان برای به تصرف درآوردن قلعه هرمز تلاش فراوان کردند و عدۀ بی‌شماری از ایرانیان کشته شدند، شاهقلی بیگ، سردار امام قلی خان، چون چنین دید، دویست تن از شجاعان جنگنده را به فرمان امام قلی خان انتخاب کرد و از میان آتش توپ و تفنگ محصورین گذشته، به یکی از باروهای قلعه رسید و آن را به تصرف درآورد، اما چون از دویست مرد جنگی که به همراه وی حمله کرده بودند جز عدۀ معدودی باقی نمانده و بقیه کشته شده و از بین رفته بودند بیش از نیم ساعت نتوانست آن بارو را در تصرف خود نگهدارد، به ناچار، با چند نفر باقی مانده یاران دلاور خود، عقب‌نشینی کرد و به نزد امام قلی‌خان بازگشت.
در روز دهم جمادی‌الاولی دو کشتی دیگر از پرتغالیان غرق گردید و در همان احوال شدت و فشار حملۀ ایرانیان به قلعه زیادتر می‌شد، محصورین قلعه ناچار از در صلح درآمدند و در روز 15 جمادی‌الاولی پرتغالیان دو نفر را برای درخواست صلح به اردوی امام قلی‌خان فرستادند، امام قلی‌خان پیشنهاد صلح آنان را به بهانۀ آنکه از شاه دستور صلح ندارد پذیرفت و به جنگ ادامه داد. روز هجدهم جمادی‌الاولی قسمت بزرگی از قلعه با گلوله توپ فرو ریخت ولی پرتغالیان با وجود کمی آذوقه و مضیقۀ آب، در داخل قلعه به پایداری ادامه داده و شدیداً مقاومت کرده و از ورود سپاهیان ایران به قلعه، به سختی جلوگیری کردند، در روز دوم جمادی‌الثانی برابر با چهاردهم آوریل یک کشتی که حامل دسته‌ای از اعراب ساحلی بود و به کمک پرتغالیها می‌آمد در حدود هرمز پدیدار، شد و چون خود را در خطر دید سپاهیان ایران دید، خواست تا راه دیگری در پیش گیرد ولی سپاه دریائی ایران بر آن کشتی دست یافت و هشتاد تن از اعراب را گردن زدند و بقیه را دربند کردند و کشتی را متصرف شدند.
روز هفتم جمادی‌الثانی حصار خارجی قلعه به تصرف امام قلی‌خان درآمد و پرتغالیها به درون حصار داخلی قلعه رانده شدند و عاقبت در نهم جمادی‌الثانی (21 آوریل 1622)، پرتغالیها حاضر به تسلیم گشتند به شرط آنکه امام قلی‌خان اجازه دهد سفائن انگلیسی، بازمانده آنان را به هندوستان برسانند، امام قلی‌خان اجازه داد و بدین ترتیب روز یازدهم جمادی‌الثانی قلعۀ عظیم هرمز تسلیم شد و پرچم پرتغال که متجاوز از یک قرن برفراز قلعه البوکرک هرمز در اهتزار بود و همچنین مجسمۀ البوکرک که در درون قلعه برپا ایستاده بود با حسن تدبیر و فداکاری و جنگاوری دلیرانۀ امام قلی‌خان امیرالامراء فارس، الی الابد فرود آمد و در هم فرو ریخت و نفوذ دولت پرتغال در دریای پارس پایان گرفت.
در این جنگ 50 هزار نفر از سپاهیان ایران به فرماندهی شخص امامقلی خان شرکت داشتند و عده مقتولین سپاه ایران را بیش از هزار نفر نوشته‌اند. بازماندگان پرتغالی جزیره که نزدیک به سه هزار نفر بودند با امر و اجازۀ امام قلی‌خان به هندوستان و سواحل عمان برده شدند و خزائن و اسلحه و آذوقه و وجوه نقد آنان که به ارزش قریب دو میلیون اکوی اسپانیولی آن زمان بود به تصرف ایرانیان درآمد و هفتاد عراده از توپهای متصرفی ایرانیان در هرمز تا زمان شاه سلیمان صفوی زینت‌بخش میدان نقش جهان اصفهان بود.
